大西洋鲑的野生种群面临着多种威胁，包括过度捕捞、水污染、水力发电、养殖鱼的逃逸、海洋温度变化和海虱寄生虫感染等。此外，气候变化和入侵物种也对其生存产生影响。这些因素导致了大西洋鲑野生种群数量的显著下降， 从1983年到1990年，鲑鱼的数量从大约700万条下降到大约500万条。虽然从1990年到2016年大西洋鲑种群数量的下降速度有所放缓，但又有33%的大西洋鲑消失了，即到2016年大西洋鲑的数量仅约为338万条。 许多河流的野生种群消亡，如英国泰晤士河的大西洋鲑种群便已经因河流污染而消亡。 2022年，大西洋鲑被列为《世界自然保护联盟(IUCN)濒危物种红色名录》“近危(NT)等级”。

　　对于大西洋鲑的具体保护措施包括保护和恢复栖息地，例如清除堰坝和其他阻碍迁徙的障碍物，在相关水域内控制水质污染，控制相关的渔业捕捞以及管理对其有害的入侵物种等。在国际层面上，已经采取了一系列联合保护措施，例如加拿大、丹麦、欧盟、美国等国于1984年成立北大西洋鲑鱼保护组织(NASCO)，并通过了《北大西洋洄游鲑鱼保护公约》，旨在促进北大西洋洄游鲑鱼种群的保护、恢复、增强和合理管理。目前NASCO已经在保护大西洋鲑方面取得一些成果，如美国在缅因州佩诺布斯科特河恢复项目中拆除了两座大坝，使大西洋鲑得以顺利进行溯河洄游;挪威政府每年花费超过500万欧元进行水质改善，使大西洋鲑在许多河流重新定殖。但大西洋鲑保护工作仍旧面临许多挑战，如养殖大西洋鲑逃逸对野生种群造成基因污染，全球水质酸化等。